La portion superficielle de la muqueuse montre des prolongements cylindriques ou villosités intestinales. Dans la portion profonde de la muqueuse les glandes intestinales tubulaires ouvrent à la base des villosités. Cette muqueuse est délimitée par la musculaire muqueuse.

La glande intestinale est bordée par un épithélium simple. À sa base on trouve quelques cellules zymogéniques de Paneth qui sécrètent des enzymes bactériolytiques, ainsi que des cellules endocrines. Les autres cellules de la glande ne sont pas différenciées et se divisent et se renouvellent. Certaines de ces cellules se transforment en cellules caliciformes qui sécrètent du mucus et les autres se différencient en cellules absorbantes ou entérocytes. Ces deux types de cellules migrent vers l’embouchure de la glande. D’autres cellules indifférenciées se transforment en cellules de Paneth.

Les entérocytes et les cellules caliciformes migrent à la surface des villosités jusqu’à leurs sommets ou elles sont expulsées dans la lumière intestinale. Tout l’épithélium intestinal se renouvelle en 3 à 4 jours chez les rongeurs et en 5 à 6 jours chez les humains.
N.B. La multiplication, rénouvellement, differentiation et migration des cellules épithéliales de l'intestin ont été élucidés à partir de 1950 par le Dr. C. P. Leblond et ses collaborateurs.