La capsule conjonctive de l’organe est en haut du champ. Le cortex est composé de cellules étoilées reliées les unes aux autres à leurs extrémités par des desmosomes (non visibles en microscopie optique). Ces cellules d’origine épithéliale contiennent dans leur cytoplasme des filaments de kératine semblables à ceux d’autres cellules épithéliales. Ces cellules sont appelées cellules épithéliales réticulaires.

Les espaces entre ces cellules épithéliales réticulaires contiennent différents lymphocytes. Les grands lymphocytes, assez rares, se divisent pour produire des lymphocytes moyens qui, à leur tour, se divisent plusieurs fois pour produire les petits lymphocytes thymiques ou lymphocytes T. Ces derniers migrent vers la médullaire.

Des macrophages, aussi présents dans le cortex, contibuent à éliminer par phagocytose les débris des lymphocytes qui dégénèrent.